De mars à décembre, le petit rorqual fréquente les eaux côtières de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent pour s’alimenter. Dans l’estuaire, sa présence se fait particulièrement remarquer à la tête du chenal Laurentien (entre Tadoussac et Les Bergeronnes) et à l’embouchure de la rivière Saguenay où il abonde du début juillet à début septembre. Certains individus séjournent dans le Saguenay jusqu’à une dizaine de milles marins en amont. Le troupeau du golfe (excluant l’estuaire) a été estimé à 1 000 individus (relevés aériens de Pêches et Océans Canada de 1995 et 1996 ne tenant pas compte des animaux en plongée).